Zagubiona Autostrada (1997). Po pięciu latach przerwy Lych porócił na duży ekran z filmem z pogranicza jawy i snu. Był to pierwszy od Głowy do Wycierania tak zakręcony film, pozbawiony chronologii i naturalnej logiki wydarzeń. Krytycy nie przyjęli filmu dobrze. Siskel i Ebert (dwóch poważanych krytyków amerykańskich) dało filmowi "dwa kciuki w dół" - w gazetowych reklamach wykorzystano to do promocji filmu: "dwa powody by samemu obejrzeć ten film". Jednakże w serwsie "They Shoot Pictures, Don't They?" który publikuje ranking 1000 najlepszych filmów Zagubiona Autostrada znajduje się na 852 miejscu. Film początkowo trwał ponad 2,5, ale po pokazach testowych Lynch skrócił film o 25 minut. Soundtrack do filmu przygotował Trent Reznor (Nine Inch Nails), który przygotował nowe utwory oraz zajał się produkcją płyty. Film wypromował niemiecki zespół Rammstein, któego dwa utwory zostały wykorzystane w filmie. W ich wideo do utworu Rammstein wykorzystano materiał z filmu.

W 2003 roku w Austrii na podstawie filmu Lyncha wystawiono operę kompozytorki Olgi Neuwirt z libretto nagrodzonej Noblem Elfriede Jelinek. W 2007 roku odbyła się amerykańska premiera opery, a kwietniu 2008 odbyła się premiera Brytyjska.

Fred Madison, saksofonista, i jego żona Renee otrzymują tajemnicze przesyłki z kasetami wideo pokazującymi ich dom, a później różwnież ich intymne pożycie. Na jednej z kaset Fred widzi siebie nad zwłokami zmasakrowanej żony. Zostaje oskarżony o jej zamordowanie i skazany na śmierć. Niespodziewanie znika z celi śmierci, a na jego miejscu pojawia się młody cżłowiek, Pete Dayton. Pete zostaje zwolniony z więzienia i zaczyna romans z dziewczyną gangstera Dicka Laureta - Alice - która jest zadziwiająco podobna do zmarłej Renne...

Barry Gifford napisał książkę zatytułowaną Night People (Nocni ludzie), i tam jeden z bohaterów użył wyrażenia ?zagubiona autostrada". Wyznałem Barry'emu, że zachwyca mnie taki właśnie tytuł: ?Zagubiona autostrada", i że powinniśmy napisać coś razem. Zgodził się bez wahania. Faktycznie wzięliśmy się za scenariusz dopiero rok później. Ale właśnie to zdanie było iskrą, która rozpaliła całą resztę.

Obu nam kiełkowały w głowie pomysły na temat tego, czym mógłby być film Zagubiona autostrada. Spotkaliśmy się na kawie i opowiedziałem Barry'emu o niektórych swoich prze-myśleniach, a on opowiedział mi o swoich. I obaj uznaliśmy nawzajem swoje pomysły za beznadziejne! W dodatku znienawidziliśmy również własne pomysły. Potem opowiedziałem Barry'emu o pewnej serii obrazów, które pewnej nocy pojawiły się przed moimi oczami. Zaświtały w mojej głowie ostatniego dnia realizacji Twin Peaks: Ogniu Krocz Ze Mną. Kiedy opowiedziałem o nich Barry'emu, zareagował: ?Chryste, naprawdę niezłe", i to był początek zupełnie nowego kierunku.

Była to może jedna trzecia późniejszego filmu, z wyjątkiem kilku scen, które pojawiły się w ostatecznej wersji. Kobieta i mężczyzna mieszkają w domu, do którego ktoś dostarcza kasetę wideo. Oglądają ją i widzą, że jest tam sfilmowany front ich domu. Nie wiedzą, co o tym myśleć; następnie dostają drugą kasetę, na której widać ich przedpokój, a potem ich samych, śpiących w łóżku. Wszystko się powtarzało aż do sceny okładania Freda pięściami na posterunku policji i jego nagłego znalezienia się w innym miejscu, bez świadomości tego, jak się tam znalazł i co się dzieje.

A początek filmu - ?Dick Laurant nie żyje"... Obudziłem się pewnego ranka, kiedy zadzwonił domofon. Odebrałem, a jakiś mężczyzna powiedział: ?Dave!" ?Tak?", zapytałem. ?Dick Laurant nie żyje". ?Co?", zdziwiłem się, ale nikt nie odpowiedział. Z miejsca, w którym wisi domofon, nie widać frontu budynku; trzeba przejść na drugi koniec domu i spojrzeć przez wielkie okno. Nikogo tam nie było. Nie wiem, kto to jest Dick Laurant. Jedyne, co wiem, to że on nie żyje! To jest prawdziwa historia! Przysięgam.

Robert Loggia był wspaniały. Po prostu wspaniały. Zwykle aktorzy martwią się, że mogą ?przeszarżować", prawda? Robert opowiada anegdotę, jak to bez przerwy powtarzałem podczas tej sceny: ?Robert, nie słyszę cię, cały czas szepczesz". On odpowiadał na to: ?Wcale nie szep-czę!", a ja wciąż swoje: ?Ależ Robercie, szepczesz". Więc Robert zaczynał się już burzyć w środku. ?Czego ten facet ode mnie chce?", spytał. I właśnie wtedy udało mu się trafić w to jedno, szczególne ujęcie. Znalazł się w rejonach, gdzie rzeczywiście zaczyna się szarżować, i wpadł w szał. Ale to zawsze w nim było. Był niesamowity. Zawsze, kiedy patrzyłem na Roberta Loggię, widziałem złość i władzę.

Mieliśmy scenę egzekucji w więzieniu. W tej scenie jest także kilka ujęć pokazujących Freda, który wyobraża sobie przebieg egzekucji. I nawet pomimo że zrezygnowaliśmy z egzekucji, same sceny reakcji Freda były idealne za względu na jego przeobrażenie się w Pete'a Daytona. W scenariuszu jest także scena w biurze naczelnika więzienia, do którego wchodzą mama i tata Pete'a Daytona; rozmawiają z nimi naczelnik, doktor Smordin oraz kapitan Luneau - przez pięć stron. W filmie zostało to zredukowane do trzech czy pięciu ujęć, w których nikt nic nie mówi.